あらすじ的なやつ。　ある日、とある森の中、ゴールドが自分のポケモン達と持ち物を残し姿を消してしまう。まるで神隠しにでもあったかのような出来事にゴールドの知人達とクリスは戸惑いながら捜索する。シルバーとも連絡を取り合い、協力して一緒に彼を探す。深い森の中ということもあり目撃情報がなく、途方に暮れていた2人のところに突如として何事もなかったかのように姿を現すゴールド。無事な姿を見て安堵する2人だったがすぐに彼の様子がおかしいことに気づく。懐かしい友の顔を見て不吉な笑みを浮かべるゴールドが手を伸ばした瞬間、彼の背後から禍々しい光が現れシルバー達、そして周りの世界を飲み込んでいく。

　シルバーとクリスが目を覚ますと先程までいたうっそうと生える草木の森とは打って変わって360°どこを見ても満点の星空が見え、まるで宇宙にでも来てしまったかのような空間だった。自分達以外誰もいない寂しい空間、そして…
広大な世界にぽつんと立っているゴールド。相変わらず不吉な笑みを浮かべてこちらを見つめている。その瞳はいつもの輝かしい金色ではなく今にも飲み込まれそうな暗く毒々しい色をしていた。神秘的で美しい世界には似つかわしくない禍々しいオーラを放つその姿に緊張感が増していく。

何がゴールドを変えてしまった？いや、おそらくは何者かに操られているのだろう。一体誰が？何が目的だ？

「この世界、オレ達の生きる世界を“悪夢”から解放する」

　そう言い放つゴールドから禍々しい力が解き放たれ、同時に周囲の空間にヒビが入る。満点の星空を四方八方に侵食していくヒビに唖然とするシルバーとクリス。だが呆然としている場合ではない。まずは目の前のゴールドを止めねばならない。そしてゴールドを操る敵を探して討伐しなければ。

　2人はそれぞれの相棒達と共に友を助けるため、今は見えない敵に立ち向かう。