空に水瓶が現れ、世界は水没の危機に晒された。主人公達は滅ぶ寸前の未来から、歴史を変えるため過去へと送られる。過去2作と異なりレベル制になったが、食肉による種族変化は健在。物語のキーとなる戦闘機ステスロスのパーツを集め、過去や未来、異世界を冒険する。