赤ずきんちゃんは狼くんに食べられたい❤親の転勤により、御伽学院に通うことになった転校生・大神零。彼は狼族の出自を持ち、その狼のような優雅な姿勢と鋭い眼差しで、周囲を圧倒していた。一方、転校そうそうに、彼は半ば強制的に、ビッチと有名な噂の赤ずきんこと、赤井林檎と出会う。彼は、自由奔放な性格と美貌で、男子生徒たちから熱狂的な支持を受けていた。

しかし、零は彼の虚栄心と傍若無人な態度に対して、全く興味を示さなかった。彼は自分自身の目的を追求するために、周囲の噂話や人間関係には一切興味を持たなかった。

そのため、彼は周囲からは冷たく見られることもあったが、彼自身はそれを気にすることなく、淡々と学校生活を送っていた……。
「おい！ 起きろよ！」
突然の大声と共に体を揺さぶられ、零はゆっくりと目を開ける。目の前には、一人の少年が立っていた。

奇襲夕闇が訪れる中、ラクール城の深部には、さざめく声や紋章の音が絶え間なく響いていた。その一室には、鉱石が焦げるような甘く痺れるような匂いと、金属が滑り合う繊細な音が充満していた。紋章術が照らす不自然に眩しい光が、部屋の中央に配置された機械と図面に影を投げかけている。

「レオン博士、調査隊より戻った者たちが、これを持参いたしました」

言葉を交わすのは、中年の兵士。彼の手には、謎の辞典のような分厚い書物が存在していた。

「そこにおいてくれ、ベルモンド」

応えるは、繊細な手元で設計図を持つ、見るからに幼さを感じさせる少年。その名はレオン・D・S・ゲーステ。歳はわずか十二。しかしその知識と技術は、城内で彼を博士と尊称する者たちに認められていた。